Após a aplicação do regime de condicionamento, seguida da infusão da medula óssea, o paciente  vai passar por um período de aplasia medular  (pancitopenia) decorrente da quimioterapia em altas doses. Este período pode oscilar entre 14 a 21 dias. Findo este tempo, os leucócitos começam a subir e atingem contagens superiores a 1000 / mm3 no sangue periférico. Este aumento nas taxas leucocitárias recebe o nome de enxertia medular ou “ pega” da medula óssea e significa que a medula já está instalada e funcionando. Com o objetivo de reduzir este período prolongado de aplasia, e adiantar a enxertia ,os pacientes tem recebido a administração de fatores de crescimento da colônia de granulócitos.

Assim como os leucócitos, as plaquetas e as hemácias, também permanecem com taxas bem reduzidas devido ao condicionamento, e há a necessidade de transfusão de concentrados de hemácias e plaquetas como suporte hemoterápico, já que a medula nova é incapaz de manter a produção necessária, pois ainda está em fase de instalação. Após período mediano de 19 a 25 dias, as taxas de hemoglobina e plaquetas tendem a subir, deixando  o paciente livre das necessidades transfusionais. É rotineiro nos grupos que realizam o TMO, manter as plaquetas acima de 30.000 e a hemoglobina acima de 10-12g/dl. A razão desta conduta é que o paciente neste período de aplasia de 2 a 3 semanas se mantém com as taxas oriundas do que o médico lhe prescrever, pois a produção da medula óssea  é insuficiente.

As transfusões sempre são irradiadas e filtradas, com o objetivo de minimizar efeitos adversos  e reações durante a mesma.

As plaquetas preferencialmente devem ser coletadas por aférese e se há a refratariedade com a transfusão, os doadores escolhidos deverão ser aqueles com HLA compatível e os familiares mais próximos, pois estes também apresentam parcial compatibilidade no HLA.

A diferença entre os tipos sanguíneos doador/receptor, não representa obstáculo ao transplante, pois técnicas como deseritrocitação, plasmaféreses, e centrifugações podem ser empregadas para que o paciente possa receber a medula de outro tipo sanguíneo.

Já para as transfusões de concentrados de hemácias, a diferença sanguínea deverá ser respeitada, e o tipo de transfusão que o paciente irá tomar é analisado caso a caso, segundo os tipos sanguíneos.