Após avaliação minuciosa do paciente com exames de HLA, hemograma, bioquímica, sorologias, urina, fezes, eletrocardiograma, ecocardiograma, prova de função pulmonar, tomografias, biópsia de medula óssea, avaliação  médica, da enfermagem, dentista, fisioterapia e  assistente social, o paciente inicia a sua programação.

É hospitalizado para receber o regime de condicionamento e o transplante de medula óssea. Após o TMO se apresentar condições clínicas satisfatórias poderá receber alta e continuar seu tratamento em um regime de hospital dia especializado, onde recebe as medicações necessárias. O hospital-dia funciona diariamente, finais de semana e feriados das 7h às 19 horas. Caso o paciente seja de outro estado ou cidade ele conta com o suporte das casas de apoio, que fornecem alojamento para o paciente e acompanhantes, transporte , alimentação, cuidados de enfermagem, cozinheiras e lazer. Se o paciente após o transplante não apresentar-se bem clinicamente, ele permanecerá internado o tempo que for necessário.